หลวงปู่ทอง วัดราชโยธา เกิดเมื่อปี พ.ศ. 2363 ตรงกับปลายสมัยรัชกาลที่ 2 เป็นบุตรของนายฮวด แซ่ลิ้ม ชาวจีนฮกเกี้ยน มารดาเป็นชาวมอญ ท่านได้อุปสมบทเมื่อปี พ.ศ. 2384 ได้อุปสมบท ณ วัดบางเงินพรม ตลิ่งชัน โดยมี ท่านเจ้าคุณวินัยกิจจารีเถระ (ภู่) วัดบางเงินพรม เป็นพระอุปัชฌาย์ ได้รับฉายาตามภาษามคธว่า "อายะนะ"
หลังจากอุปสมบทมา ได้พำนักจำพรรษา ณ วัดแห่งนั้นเพื่อศึกษาพระธรรมวินัยและคอยอุปัฏฐากพระอุปัชฌาย์ของท่าน ภายหลังได้ธุดงค์วัตรเพื่อแสวงหาโมกขธรรม
หลวงปู่ทอง เป็นศิษย์ของ หลวงปู่แสง วัดมณีชลขันธ์ จ.ลพบุรี และยังเป็นศิษย์น้องของ สมเด็จพุฒาจารย์โต (พรหมรังสี) วัดระฆัง กทม. อีกด้วย
ส่วนลูกศิษย์ของหลวงปู่ทองก็มี
หลวงปู่เผือก วัดกิ่งแก้ว สมุทรปราการ (ศิษย์ก้นกุฏิของท่านเพราะท่านเป็นพระอุปัชฌาย์), หลวงปู่เหลือ วัดสาวชะโงก ฉะเชิงเทรา, หลวงพ่อจง วัดหน้าต่างนอก อยุธยา, หลวงปู่คง วัดบางกะพ้อม สมุทรสงคราม, หลวงปู่จาด วัดบางกะเบา ปราจีนบุรี, หลวงพ่อสด วัดปากน้ำ ภาษีเจริญ, หลวงพ่อคล้าย วัดสวนขันธ์ นครศรีธรรมราช, หลวงพ่ออี๋ วัดสัตหีบ ชลบุรี
ท่านถึงแก่มรณภาพด้วยโรคชราในปี พ.ศ. 2480 ตรงกับสมัยรัชกาลที่ 8นับรวมอายุได้ 117 ปี 96 พรรษา เป็นพระอรหันต์ที่อยู่ได้นานที่สุดถึง 7 แผ่นดิน